Некоторые полномочия органов местного самоуправления из Устава исключены, поскольку переданы на региональный уровень. Например, городская Дума теперь не будет утверждать инвестиционные программы организаций, которые осуществляют холодное водоснабжение и водоотведение, а также организаций, которые занимаются сбором и утилизацией ТБО.
Кроме того, в соответствии с Федеральным законом «О противодействии терроризму» закрепляются полномочия администрации Краснодара в области защиты населения и обеспечения правопорядка.