Точкой отсчета образования кубанского Управления является 29 сентября 1937 года.
Органы безопасности были созданы 20 декабря 1917 г. постановлением Совета Народных Комиссаров для борьбы с контрреволюцией и саботажем в Советской России была образована Всероссийская чрезвычайная комиссия (ВЧК). Председателем ВЧК был назначен Феликс Дзержинский - член ЦК Российской коммунистической партии большевиков, член президиума ВЦИК.
22 марта 1918 г. ВЧК было принято постановление о создании Чрезвычайных комиссий на местах. 23 марта 1918 г. в городе Екатеринодаре образовалась Кубанская областная ЧК, которую поручили возглавить Михаилу Богоявленскому (революционный псевдоним Власов), который и избирается первым председателем Чрезвычайной комиссии Кубанской области.
1918 год на Кубани был годом административных и территориальных преобразований: Кубанская область и Черноморская губерния объединяются в Кубано-Черноморскую республику, как часть РСФСР (30 мая); затем она входит в состав Северо-Кавказской советской республики (7июля). Председателем ЧК всех этих образований также избирается Власов.
В феврале 1922 г. ВЧК была упразднена и преобразована в Государственное политическое управление при НКВД РСФСР, которое вскоре стало, в связи с образованием СССР, Объединенными государственными политическим управлением (ОГГПУ) при СНК СССР.
В 1922 г. в связи с созданием в Ростове-на-Дону Полномочного представительства ГПУ на Юго-Востоке России органы государственной безопасности Кубани были переданы в его подчинение. В Краснодаре - Кубанский окружной отдел ПП ОГПУ на Юго-Востоке России, которое в октябре 1924 г. реорганизуется в ПП ОГПУ Северо-Кавказского края, а в 1934 г. в ПП ОГПУ по Азово-Черноморскому краю.
10 июля 1934 года было упразднено ОГПУ, которое в новом качестве, как Главное управление государственной безопасности, вошло в состав НКВД СССР. На Кубани - УНКВД по Азово-Черноморскому краю.
Точкой отсчета образования Управления по Краснодарскому краю является 29 сентября 1937 года, когда было принято Постановление ЦИК СССР о разделении Азово-Черноморского края на Краснодарский край и Ростовскую область.
Во время Великой Отечественной войны в крае в период его оккупации немцами, в тылу у них, кроме партизан и оперативных групп НКВД действовало глубоко законспирированное подполье, созданное чекистами из негласных сотрудников.
За 6 месяцев 1941 года было арестовано 10 580 бандитов и дезертиров. За январь – февраль 1942 года еще 2625 человек, у которых изъято 7 пулеметов, 472 винтовки, 131 пистолет, сотни ручных гранат и десятки тысяч патронов. С 15 июня по 10 августа 1942 года вновь было выявлено и уничтожено еще 14 бандитских групп, у которых изъято 145 винтовок, 29 пистолетов и большое количество боеприпасов.
В 1950 – 1954 годах только американская и английская разведки пытались забросить на территорию края воздушным и морским путем пять групп, состоявших из 10 агентов, прошедших хорошую подготовку в разведывательных центрах.
Заброска американской и английской агентуры на территорию края воздушным и морским путем прекратилась, да она и не могла иметь шансы на успех, потому, что на страже безопасности края стояли не только чекисты, но и жители края. В 1980 году подразделение УКГБ, под названием группа «Кавказ», принимало участие в выполнении боевых задач в Афганистане. В 2001 – 2002 годах выявлено и ликвидировано несколько чеченских организованных преступных группировок.
Сегодня Управление Федеральной службы безопасности по Краснодарскому краю продолжает занимать достойное место в системе органов государственной безопасности страны, в том числе выполнять задачи в зоне проведения специальной военной операции.