История учреждения берет начало с 1929 года – со дня подготовки командиров специальной связи при 2-м отделе управления наркомата по военным и морским делам. Приказом Реввоенсовета СССР №283/58 в Краснодаре были организованы курсы по усовершенствованию среднего и старшего начсостава.
Сами занятия начались 15 ноября. Именно с этой даты и принято вести отсчет истории Краснодарского шифровального училища.
Четырехмесячные курсы изначально были прикомандированы к военной академии им. М. В. Фрунзе. Однако уже в 1935 году спецкурсы становятся самостоятельным учебным заведением и реорганизуются в Тамбовские курсы усовершенствования командного состава спецслужбы РККА. С этого момента обучение длится не четыре месяца, а год.
В Краснодар учебное заведение было переведено в 1954 году. Училищу было отведено отреставрированное здание, которое ранее занимало управление Северо-Кавказского военного округа.
Уже спустя 10 лет ему присваивают наименование «Краснодарское военное училище». Еще через 4 года – в 1968 году – заведение награждают орденом Красного Знамени.
Спустя год учреждение преобразуют в Краснодарское высшее военное Краснознаменное училище. С этого момента срок обучения студентов длится уже не один год, а целых четыре.
В 1979 году в связи с 50-летием со дня образования училища и за заслуги в подготовке офицеров-шифровальщиков учебному учреждению присваивают имя генерала армии Сергея Матвеевича Штеменко. В знаменательную дату образовательное заведение также награждают орденом Октябрьской Революции.
В 2019 году училищу вручают орден Жукова.
В день юбилея в городе запланированы торжественные мероприятия в честь единственного в России вуза, выпускники которого обеспечивают безопасность информационных и телекоммуникационных систем органов военного управления.
В настоящее время Училище имени генерала армии С. М. Штеменко в Краснодаре готовит специалистов в сфере защиты информации для всех видов и родов войск ВС РФ, а также центральных органов военного управления Минобороны РФ, федеральных органов исполнительной власти и военнослужащих вооруженных сил иностранных государств, в том числе государств-участников СНГ, по направлениям информационной безопасности.
