Клуб дебютировал в Первом дивизионе России 28 марта 2009 года, в Премьер-лиге - 12 марта 2011 года.
17 мая 2015 года команда завоевала бронзовые медали чемпионата России.
Первый в истории клуба выход из группы в Лиге Европы УЕФА состоялся 26 ноября 2015 года в Краснодаре с дортмундской «Боруссией».
Свой стадион у «горожан» открылся 9 октября 2016 года, сообщает пресс-служба клуба.
Как ранее сообщали «Кубанские новости», в ответном матче 1/16 финала Лиги Европы «Краснодар» сыграл с «Байером» со счетом 1:1.
На 85-й минуте матча Магомед-Шапи Сулейманов вывел «горожан» вперед. Спустя две минуты Чарлес Арангис сравнял цифры на табло. Итог встречи 1:1.
Результативной ничьей краснодарскому клубу было достаточно, чтобы выйти в 1/8 финала Лиги Европы.
