Свою трудовую деятельность Евгений Филиппов начал в 1997 году в должности врача - акушера-гинеколога Родильного дома города Сочи. С февраля 2004 года по апрель 2007 года работал в должности заведующего отделением, с апреля 2007 года по ноябрь 2009 года – заместителем главного врача, а с ноября 2009 года по сентябрь 2010 – главным врачом Сочинского Перинатального центра. В сентябре 2010 года возглавил городскую больницу №9. В июле 2013 года назначен министром здравоохранения Краснодарского края.
В стенах Городского Собрания Сочи прошла церемония вручения почетного знака и удостоверения к нему. На ней присутствовали главный врач государственного бюджетного учреждения здравоохранения «Научно-исследовательский институт — Краевая клиническая больница № 1 имени профессора С. В. Очаповского» Владимир Порханов, Председатель городского собрания Сочи Виктор Филонов и представители депутатского корпуса, в том числе и работники сферы здравоохранения курорта.
- Я этого человека знаю давно. На моих глазах он превратился в доктора, оперирующего акушера. И именно в Сочи, в роддоме, он стал тем, кто он есть сейчас - Почетным гражданином города, который известен на весь мир, города Сочи. Он сделал очень много добра людям, руководя этим роддом, он спас много жизней, помог многим семьям обрести детей. Я желаю ему дальнейших успехов, здоровья и много лет плодотворной работы на посту министра здравоохранения Кубани, - сказал главный врач государственного бюджетного учреждения здравоохранения «Научно-исследовательский институт — Краевая клиническая больница № 1 имени профессора С. В. Очаповского» Владимир Порханов.
Евгений Филиппов доктор медицинских наук. Имеет множество наград. В 2012 году ему была присвоена ученая степень доктора медицинских наук.
В 2017 году Евгений Филиппов стал лауреатом VI Национальной премии «Репродуктивное завтра России» в номинации «На страже женского здоровья», является лауреатом первой премию Росздравнадзора «За качество и безопасность медицинской деятельности».
- Сочи для меня особенный город, здесь в сочинском роддоме у меня родился сын. Сейчас он уже сам работает в сочинском роддоме, и, я надеюсь, будет продолжать нашу династию и дальше. Эта награда, очень важна для меня. Мне особенно приятно, что решение о присуждении этой награды мне приняли депутаты, народные избранники. Тем более, что в сочинском депутатском корпусе много медиков. Поэтому я считаю, что награда даже не мне, она - здравоохранения Сочи. Я много лет здесь работал. Для меня это огромная честь, начать здесь с простого врача, а в итоге получить такое признание. Спасибо! - подчеркнул министр здравоохранения Краснодарского края, Почётный гражданин города Сочи Евгений Филиппов.
Как сообщали «Кубанские новости», сочинские врачи спасли упавшего с 12 этажа мужчину. Операция по спасению пациента длилась шесть часов. Медики диагностировали у него множественные травмы головы, грудной клетки, позвоночника и конечностей. Степень тяжести травм по шкале ASS оценивалась в 50 баллов из 50 возможных.
