В журнале Nature Microbiology опубликовано исследование о новом алгоритме под названием TRACS (TRAnsmision Clustering of Strains).
Он использует геномику, чтобы различать близкородственные штаммы бактерий и других патогенов — например, вируса SARS‑CoV‑2, пневмококка и малярийного паразита. Алгоритм непрерывно анализирует новые данные об инфекциях, что позволяет вовремя замечать опасные вспышки заболеваний.
Существующие инструменты для отслеживания бактерий не всегда подходят для регулярного мониторинга в здравоохранении: им не хватает скорости и гибкости, сложно добавлять новые образцы и отличать недавнюю передачу инфекции от той, что случилась несколько лет назад. TRACS решает эти проблемы. Он выявляет небольшие генетические различия (однонуклеотидные полиморфизмы) и на их основе оценивает, насколько патогены родственны и могли ли они передаться недавно. Благодаря этому можно непрерывно добавлять новые данные и точно выявлять сети передачи инфекций.
Учёные проверили TRACS на трёх наборах геномных данных: о коронавирусе из больниц Великобритании, о пневмококке и о малярийном паразите у пациентов с малярией. Инструмент смог идентифицировать разные патогены в одном образце и определить, где каждый из них был передан. Также с его помощью изучили передачу микробов от матерей к младенцам: выяснилось, что полезная бактерия Bifidobacterium breve сохраняется в организме младенцев дольше, чем предполагалось ранее.
Исследователи считают, что TRACS поможет эффективнее предотвращать вспышки заболеваний, разрабатывать новые методы лечения и лучше понимать, как микробы передаются между людьми и влияют на микробиом. Это особенно важно для защиты уязвимых групп, например, онкологических больных, сообщает Наука Mail
